Крошечный, но отважный мышонок Стюарт Литтл, прочно занявший своё место в семье Литтлов, вновь бросается в водоворот событий, когда судьба сталкивает его с очаровательной канарейкой Маргаритой, потерявшей свою семью. Не раздумывая, Стюарт решает помочь новой подруге и отправляется в рискованную спасательную операцию. Их путь лежит через невероятные испытания: героям предстоит покорить опасные высоты, пройти через таинственные леса и исследовать тёмные пещеры. В этом путешествии их ждут встречи с колоритными персонажами — эксцентричным грызуном Сноубеллом и обаятельным крысоловом Арчи. Покоряя каждое новое препятствие, Стюарт и Маргарита познают непреходящую ценность истинной дружбы и безграничную силу личного мужества, которые в итоге помогают им одержать победу над любыми трудностями и завершить великую миссию.