В фантастическом мире причудливых островов, где каждый клочок суши таит невероятные чудеса и странных обитателей, разворачиваются невероятные приключения юного мечтателя Флэпджека и его наставника — бывалого морского волка Капитана Подковы. На своём корабле «Ласточка» эта неразлучная парочка бороздит моря в поисках сокровищ и приключений. Пылкое любопытство мальчика и житейская мудрость старого капитана, научившего его навигации и выживанию, постоянно ставят их перед новыми испытаниями. Их путь пересекается с самыми разными персонажами: от добродушного кита Панкратиуса, управляющего собственной лодкой, до зловещего Механического генерала, жаждущего мирового господства. Не все их авантюры заканчиваются успехом — порой их ждут оглушительные провалы и новые неприятности. Но что бы ни случилось, Флэпджек и Капитан Подкова неизменно доказывают, что истинная дружба, взаимовыручка и отвага помогают преодолеть любые бури и с радостью встречать новые вызовы.