Обыденная жизнь утконоса Перри, как и у всех, полна тихих страхов и тревог, но его главный кошмар неожиданно сбывается в мультфильме «Финес и Ферб: Покорение Второго Измерения». Его тщательно скрываемая тайна — жизнь под прикрытием в качестве суперагента Пи — раскрывается перед самыми близкими: Финесом и Фербом. Это открытие переворачивает мир с ног на голову и становится началом невероятно опасной миссии. Вместе с верными друзьями Перри предстоит рискованное путешествие в причудливое Второе Измерение, где их уже поджидает старый знакомый — коварный доктор Дуфеншмирц, задумавший на этот раз нечто поистине грандиозное и угрожающее.