Загадочный пёс Скуби-Ду и его незадачливый хозяин Шегги вместе с командой «Корпорация Тайн» оказываются в самом сердце засушливой пустыни, где их путешествие прерывается внезапным появлением таинственного объекта, напоминающего инопланетный корабль. От неожиданности их автомобиль врезается в гигантский кактус, и это происшествие происходит на подозрительно близком расстоянии от засекреченной станции слежения за космическими явлениями. Эта череда событий наводит на мысль, что ничего случайного здесь нет. Пустыня скрывает множество мрачных секретов, а местные жители поколениями передают леденящие душу легенды о пришельцах, бесследно похищающих людей. Так что же это — массовые галлюцинации или реальная угроза извне? Раскрыть эту тайну предстоит отважной команде в анимационном фильме «Скуби-Ду! и вторжение инопланетян».