В городе объявилась новая преступная группировка – «Пурпурные драконы». Их внезапное нападение пресекает команда бойцов, как две капли воды похожих на Черепашек-ниндзя. Однако сами герои-мутанты не имеют к этому никакого отношения, что с изумлением обнаруживает их наставник Сплинтер. Вскоре выясняется, что на улицах появились их высокотехнологичные двойники – современные Черепашки, взявшие на себя роль защитников города от зла. Столкнувшись с мистификацией, подлинные ниндзя вынуждены объединить усилия, чтобы не только противостоять бандитам, но и разоблачить самозванцев. Главной же угрозой становится двойная опасность – команде предстоит сразиться с двумя могущественными Шреддерами, чьи силы и планы несут городу беспрецедентную опасность.