В основе сюжета «Case Closed» — судьба гениального старшеклассника-детектива Шиничи Кудо. После того как он становится случайным свидетелем деятельности таинственной преступной организации, его подвергают воздействию экспериментального препарата. Вместо смерти Шиничи превращается в ребёнка, сохранив свой острый интеллект и память. Под именем Конан Эдогава он поселяется в доме своего друга Ран Мори и её отца-детектива, неудачливого Когоро. Используя его прикрытие, Конан начинает расследовать многочисленные запутанные дела — от убийств до шантажа, — применяя дедукцию и高科技 gadgets, чтобы усыпить бдительность преступников и направлять «спящего» Когоро к разгадке. Параллельно он ведёт опасную двойную жизнь, пытаясь выйти на след зловещей организации, которая обратила его в ребёнка, скрываясь у всех на виду под маской обычного первоклассника. Каждое расследование — это сложная головоломка, где важна каждая деталь, а за чередой отдельных эпизодов скрывается масштабная главная интрига, связанная с поиском способа вернуть своё тело.