В разгар Войн Клонов, раздирающих галактику, мультсериал детализирует ключевые события, разворачивающиеся между второй и третьей частями киносаги. В центре повествования — рыцарь-джедай Анакин Скайуокер, его юная ученица Асока Тано и их верные соратники, такие как капитан Рекс, чьи личные истории раскрывают многогранность конфликта. Сюжет следует за ожесточенными сражениями на Кристопсисе, Райлоте, Утапау и других планетах, а также за судьбоносными битвами за Камино и Мандалор, где решается будущее Республики. Параллельно темный лорд ситхов Дарт Сидиус, стоящий за расколом, плетет паутину интриг, сталкивая героев с новыми мощными противниками — асассином Асажж Вентресс и охотником за головами Кэдом Бэйном. Сериал не просто расширяет вселенную, вводя новые технологии, виды и углубляя понимание Силы, но и придает масштабному противостоянию эмоциональную глубину, исследуя темы долга, дружбы и надвигающегося мрака.